O Sistema de Controle Interno avalia e controla a ação governamental e os atos de gestão fiscal dos administradores municipais. O trabalho ocorre por intermédio da fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, respeitando os princípios da legalidade, da impessoalidade, da moralidade, da publicidade, da eficiência e da eficácia da Administração Direta, Indireta e Funcional. Cabe ao setor propor medidas corretivas com o intuito de cumprir as normas técnicas, administrativas e legais em vigor.
Também são atribuições do setor o controle e análise de documentos, saldos de contas, bens e valores nas diversas operações realizadas e o controle do alcance das metas físicas das ações de governo e os resultados dos programas de governo, através dos indicadores de desempenho definidos no Plano Plurianual, quanto à eficácia, à eficiência e à efetividade da gestão nos órgãos e nas entidades da Administração Pública Municipal. Além disso, o Sistema de Controle Interno acompanha a gestão patrimonial e realiza auditoria e aprovação da prestação de contas de repasses orçamentários à pessoa física ou jurídica através de convênios e contratos diversos.